Debido a sus fuertes conexiones con las culturas griega y romana, la alquimia fue fácilmente aceptada en la filosofía cristiana, y los alquimistas europeos medievales absorbieron ampliamente el conocimiento alquímico islámico. Gerberto de Aurillac, que más tarde se convertiría en el Papa Silvestre II, (m. 1003) fue uno de los primeros en traer la ciencia islámica a Europa desde España. Más tarde, hombres como Adelard de Bath, que vivió en el siglo 12, trajeron aprendizaje adicional. Pero hasta el siglo XIII los movimientos eran principalmente asimilativos. (Hollister p. 124, 294)
Laboratorio Alquímico
Alquimia Histórica: Siglos XI – XII
En este período aparecieron algunas desviaciones de los principios agustinianos de los primeros pensadores cristianos. San Anselmo (1033-1109) era un benedictino que creía que la fe debía preceder al racionalismo, como habían creído Agustín y la mayoría de los teólogos anteriores a Anselmo, pero Anselmo expresó la opinión de que la fe y el racionalismo eran compatibles y alentaban el racionalismo en un contexto cristiano. Sus puntos de vista prepararon el escenario para que ocurriera la explosión filosófica. Peter Abelard siguió la obra de Anselmo, sentando las bases para la aceptación del pensamiento aristotélico antes de que las primeras obras de Aristóteles llegaran a Occidente. Su mayor influencia en la alquimia fue su creencia de que los universales platónicos no tenían una existencia separada fuera de la conciencia del hombre. Abelard también sistematizó el análisis de las contradicciones filosóficas. (Hollister, p. 287-8)
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Alquimia Histórica: Siglos XII – XIII
Robert Grosseteste (1170-1253) fue un pionero de la teoría científica que más tarde sería utilizada y refinada por los alquimistas. Tomó los métodos de análisis de Abelard y agregó el uso de observaciones, experimentación y conclusiones para hacer evaluaciones científicas. Grosseteste también hizo mucho trabajo para tender un puente entre el pensamiento platónico y el aristotélico. (Hollister pp. 294-5)
Alberto Magno (1193-1280) y Tomás de Aquino (1225-1274) fueron dominicos que estudiaron a Aristóteles y trabajaron para reconciliar las diferencias entre filosofía y cristianismo. Aquino también hizo un gran trabajo en el desarrollo del método científico. Incluso llegó a afirmar que los universales sólo podían descubrirse a través del razonamiento lógico y, puesto que la razón no podía oponerse a Dios, la razón debía ser compatible con la teología. (Hollister p. 290-4, 355). Esto iba en contra de la creencia platónica común de que los universales se encontraban sólo a través de la iluminación divina. Magnus y Aquino estuvieron entre los primeros en tomar el examen de la teoría alquímica, y podrían ser considerados como alquimistas ellos mismos, excepto que estos dos hicieron poco en el camino de la experimentación.
El primer verdadero alquimista en la Europa Medieval fue Roger Bacon. Su trabajo hizo tanto por la alquimia como el de Robert Boyle por la química y el de Galileo por la astronomía y la física. Bacon (1214-1294) fue un franciscano de Oxford que exploró la óptica y los lenguajes además de la alquimia. Los ideales franciscanos de asumir el mundo en lugar de rechazarlo lo llevaron a la convicción de que la experimentación era más importante que el razonamiento: “De las tres maneras en que los hombres piensan que adquieren conocimiento de las cosas: autoridad, razonamiento, Alquimia en la Europa Medieval”.